政府在4月4日公布，港珠澳大橋香港口岸的旅客清關服務時間，由4月5日起，改為每日上午10時至晚上8時，私家車清關服務時間，縮短至上午6時至晚上10時 ，貨物清關服務時間則維持24小時運作。
為應對新型肺炎疫情，盡量減少跨境人流，集中資源做好口岸防疫工作，港府、澳門特區政府和珠海市政府經商討後，同意作出有關安排。
事實上，自1月30日起，當局先後暫停12個陸路或海路口岸的旅客清關服務，只維持深圳灣口岸和港珠澳大橋香港口岸兩個陸路口岸的旅客清關服務。由4月3日起，深圳灣口岸旅客清關服務時間縮短，由每日上午10時至晚上8時。
此外，由2月8日以來，所有從內地抵港或抵港前14天曾到訪內地人士須接受14天強制檢疫安排；而自3月25日以來，所有從澳門抵港人士也須接受14天強制檢疫安排。
而各陸路口岸的貨物清關服務一直維持正常，上月每日平均有8,197架次貨車入境香港，較1月平均每日6,838架次上升近20％；出境貨車上月每日平均8,186架次，1月則為6,815架次。
